深夜の『反逆のストリート・パーティー』に現れた1人の女。彼女は「助けて！」と竹馬姿の男にすがりながら息絶える。顔面と頭部には複数の裂傷。死因は鈍器による殴打と見られ、傷口にはプラスチックの破片が混入、ブレスレットには血痕が付着した微物が付着していた。
その後、女の財布が見つかり、身元はアン・スティール、名刺による肩書きは「コンサルタント」と判明。彼女のブラックベリー端末（携帯電話）の記録から、最後に電話をかけた相手はシンクレア局長と分かる。

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やり手の被告側弁護士として知られるパウエルが、船上パーティーを開く。するとそこへ、スピードボートで男女が接近。ほかのパーティー客に焚き付けられたパウエルは、そのホットな2人の飛び入り参加を許してしまう。ところがこれが思わぬ惨事に発展。男はヨットに乗り移るや否や発砲し、乗船客らを船首に集めて後ろ向きに整列させる。そう、2人は金品狙いの強盗だったのだ。アクセサリーや腕時計、現金などを出せと命じられた乗船客たちは、致し方なく犯人たちの要求に従うが、そんな中、突然パウエルの婚約者ネイディーンが射殺されてしまう。男女はスピードボートで逃走。パウエルには、倒れたネイディーンを抱きかかえて叫ぶことしかできなかった。

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ワシントンDC行きの飛行機に搭乗するマック。途中、飛行機が乱気流に突っ込んだことがきっかけとなり、マックは隣の席に乗り合わせた発明家のエド・ライリーと自己紹介を交わす。
そんな中、マックは客室乗務員の言動に不穏な空気を感じ取る。そして、自分はCSIの刑事だと名乗り出て状況を尋ねた結果、客室乗務員のスーザンがトイレの中で男の刺殺体を発見したことを知る。被害男性は航空保安官のバッジを付けており、ホルスターからは銃が抜き取られていた。死因は恐らく、頸動脈を切られたことによる失血だろう。犯人はハイジャックを狙っている可能性が高いと推測したマックは、機内に潜む犯人の捜索を単独で開始する。

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ビスケーン裁判所の法廷では、パーム・コート・カントリークラブの従業員用ロッカーで絞殺死体として発見された女性、リンジー・ガーランドの事件の公判が行われていた。被告人は、第一発見者であり、該当するロッカーの使用者であるゴルフ・インストラクター、アルフォンゾ・レイエス。彼は、リンジーの遺体を発見する1時間前に彼女と練習場で言い争っている姿を複数人に目撃されており、彼のシャツにはリンジーの毛髪や唾液が付着していたことも分かっている。検事のパトリシアは、これらの証拠を持ってアルフォンゾの有罪を主張。陪審員たちも、アルフォンゾに有罪判決を下す。

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セントラルパークで行われていたマルーン5の無料ライブで乱闘騒ぎが起き、ライザ・カーペンターという女性が車道に出て倒れて死ぬ。警官が群衆制圧のために撃ったソフト弾が致命傷を与えたかと思われたが、検視の途中でとんでもないことが明らかになる。彼女は放射線に被曝していたのだ！ 検視を行っていたシドは途中でそのことに気付くが、ライザの遺体と長時間接していたために自分も被曝して失神してしまう。

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腐敗臭がするという近所の通報を受け、空き家に入ったカリーとウルフ。屋根裏に上がり、男の死体を発見する。2人は早速死体の周辺を調べるが、何やら物音が。その直後、何者かが階下から屋根裏に向けて発砲し、火を放って逃走する。カリーとウルフは何とか死体を運び出して脱出するが、家は焼け、死体以外の証拠がほぼダメになる。
その後、ホレイショとデルコが現場へ。犯人は酒を燃焼促進剤に使い、スプレー缶を電子レンジで加熱して引火させたことが分かってくる。さらに、ホレイショは焼け跡から1枚の名刺を発見。手がかりとしてラボに持ち帰る。

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自分の妻と娘を人質に取られ、銀行強盗犯に落とした携帯電話を回収してくるよう命じられたとマックに嘘をついたジョー。騙されたマックは、ジョーに銃を突きつけられて車でマンハッタンを後にしたが、その後、車ごとハドソン川に沈められるという惨事に見舞われる。けれども、何とか自力で車から脱出したマックは、対岸のニュージャージーに泳ぎ着き、車で通りかかった女性から携帯電話を借りてステラに連絡する。ヘリでマックを捜索中だったステラは、そのまま現場に急行。川から引き揚げられた車の中からは、銀行の支店長夫妻殺害の第一容疑者であるデリック・ジェームズの死体が見つかる。マックは、軽い脳しんとうを起こしており、何があったのか詳しく思い出せない。そんな中、捜査はニュージャージーの管轄となり、マックたちは捜査に直接関われなくなる。しかしマックは、犯人を必ず捕まえると語気を強める。

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競馬レースの真っ最中、貴賓室で大物馬主ロバート・バニヨンが射殺される。目撃者はおらず、カリーとデルコは貴賓室を検証。双眼鏡カメラのほか、高級ワイン、グランディネ・トリュフ（マイアミでは手に入らない希少品）などを証拠品として持ち帰る。
その後、グランディネ・トリュフの販売元は、競馬ビジネスも手がける多角経営者ウェイン・タリーがオーナーを務めるシカゴの会社と判明。タリーはちょうどマイアミに来ていると分かり、ホレイショとナタリアは彼を取り調べる。タリーによれば、トリュフを手みやげにバニヨンを訪ねて馬の共有ビジネスの話を持ちかけたが、あっさり断られたとのこと。マイアミに持ち込んだ銃は護身用だと説明し、事件への関与を否定する。

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