銀行の開店と同時発生した強盗事件。犯人は、10人余りの人質を取って立てこもり、警察に3つの要求をする。1つ目は車を1台用意すること、2つ目は報道をしないこと、そして3つ目は、CSIの人間を1人送り込むこと。マックは3つ目の要求に応えるために、人質1名を解放するのを条件に単身で行内に乗り込む。行内には、怯えながら床に伏せる人質たちの姿が。そして、金庫室には男性の死体があった。犯人は、男性を殺したのは自分ではないと主張し、マックに科学捜査でそれを証明するよう命じる。

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猛スピードでゴミをまき散らしながら走るゴミ収集車。それを、2台の白バイが追跡する。カーチェイスの末、収集車はパトカーに行く手を阻まれて急停車。その瞬間、男性の死体が路上に投げ出される。慌てた運転手は収集車を降りて逃走を図るが、通りがかった車にはねられて死亡。グリッソムたちCSIが捜査を開始する。
ほどなくして、運転手の身元は元警官のブロディ・ビッグスと判明。一方のゴミ収集車から投げ出された男性の方は、5つのクラブで働いていたジェイソン・クルーズ、27歳と分かる。ジェイソンは、窒息後にゴミ収集車の圧縮機で押しつぶされたと見られ、鼻と口からはシルクの繊維が見つかる。

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ニューヨーク市民を恐怖に陥れている、連続殺人犯タクシー・キラー。いまだ犯人逮捕に至らない警察への不満が市民の間で強まる中、1台のタクシーが男性の死体を警察署前に投げ捨てて逃走。現場に居合わせたフラックは、あと一歩のところで犯人を取り逃がす。今回の被害者であるジミー・カマイダスはジャージーシティーの警官。地元ニュージャージー警察のクインも捜査に加わる。

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より優れた捜査官を目指すためと称して、ホッジスが提案した「思考実験」。ウェンディらは、それぞれホッジスが用意したシナリオに基づき、架空の殺人事件の謎解きに挑戦する。実はこの「思考実験」、ホッジスが密かに製作中のボードゲーム「ラボ・ラッツ」の参考にするためのものだった。

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オフを利用して、バスケット観戦に繰り出したダニーとフラック。ハーフタイムでは、抽選に当たったラッキーな観客、ドゥーガン・スコットがシュートのチャンスを獲得。チアガールたちからキスの祝福を受けた彼は、100万ドルの賞金を懸けてゴールを狙う。そしてダニーとフラックは、彼がゴールを決めるかどうか賭けをすることに。ドゥーガンは見事にゴールを決めてダニーに勝ちをもたらすが、その直後に突然倒れ、あっという間に死んでしまう。警察バッジを見せてドゥーガンの様子を調べに行ったダニーたちは、彼が直前まで元気だったこと、瞳孔の散大や口元に発疹が見られることなどから、死因は即効性の毒物によるものと推測。合流したリンジーとともに現場検証を開始し、ドゥーガンの座席の裏に血痕の飛散を見つける。

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西ラスベガス大学の学生寮で、キーラ・デリンジャーが自室の窓から落ちて死亡する。キャンパスでは飛び降り自殺が相次いでいたが、調査の結果、何者かに引きずり落とされたことによる他殺と判明。CSIは殺人事件として捜査を進める。
そんな中、サラは、夫婦げんかで近所からの通報があったヒメネス夫妻の家に向かう。部屋には血痕が多数残されていたが夫妻の姿はなし。しかし、間もなく妻のキムが背中にナイフが刺さった状態で戻ってくる。するとそこへ、今度は夫のアダムが。彼はサラたちの姿に気付くと「お前が（警察を）呼んだんだろ！」と激怒。警官やロニーが仲裁に入り、アダムは逮捕される。日頃から、アダムがキムを虐待しているのは間違いなく、ロニーはアダムが釈放後にまた同じことを繰り返すのではないかと心配するが、サラは「私たちにできることはないわ」と、諦めと絶望を感じさせる態度を見せる。

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ニューヨークの一流進学校、ナサンソン・アカデミー高校で卒業ダンスパーティーが開かれる。そして、生徒たちが体育館で大いに盛り上がる中、隣の理科室ではパーティーの監視役で生活指導員のロバート・グレッグスの死体が発見される。第一発見者は、車のキーを取りに来た生徒。グレッグスは、何者かに殴られて劇薬の棚に激突したものと見られ、顔は化学薬品を浴びて激しく損傷していた。

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実の息子コービーを連れて、長距離バスで逃走中の連続殺人犯、テリー・リー・ウィッカー。ラジオで自分が指名手配されていると知った彼は、息子の体調が悪いという理由でバスを途中下車する。
それから数時間後。ウィッカーの捜索を続けるFBIのNY支局失踪者捜索班のリーダー、ジャック・マローンと、ラスベガスCSIのチーフであるグリッソムは、アリゾナ州ヒルサイドの駐車場にいた。門の鍵が壊されて、車のキーが盗まれたという通報を受けたのだ。犯人は恐らくウィッカーだろう。グリッソムは、盗んだ車が駐車されていた場所で、睡眠薬の包装が捨てられているのを見つける。ウィッカーはコービーを薬で眠らせているようだ。グリッソムはジャックをヒルサイドに残し、ウィッカーに殺されたジーナの車を調査するためラスベガスに戻る。ジーナはウィッカーの元妻であり、コービーの母親である。

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線路のそばの一軒家で、住人のカルメンと身元不明の少年が撲殺される。キャサリンとグレッグは現場検証を開始するが、途中で作業中止の指示が。現場で採取された掌紋が、FBIの暴力犯罪者逮捕プログラム「ViCAP」に登録された、6年前の誘拐事件の証拠と一致したのだ。現場に合流したグリッソムは、キャサリンたちと一緒にFBIの到着を待つ。
間もなく、FBIのNY支局失踪者捜索班のリーダー、ジャック・マローンがヘリコプターで到着する。表でブラスと挨拶を交わしたジャックは、屋内でグリッソム、キャサリンらと対面。キャサリンは、少年がこの家に住んでいたいた形跡はなく、泊まりに来ていた可能性が高いことをジャックに報告する。グレッグは、カルメンの鍵類はバッグの中にあり、財布から現金は抜かれていたものの、カード類はすべてテーブルの上に重ねて置かれており、指紋も拭き取られていたことを説明する。ジャックは、6年前の事件との共通点は撲殺された点だけだと語り、合同捜査を提案する。

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ロッカウェイ・ビーチで、鮫と女性の死体が見つかる。女性は鮫に右手や肩などを食われていたが、首には索条痕、目には点状出血が。首を絞められたことによる窒息が死因と見て、CSIが捜査を開始する。現場に駆けつけたステラは、被害者の顔を見てハッとする。どこかで見た覚えがあるのだ。しかし、どこで彼女と会ったのか思い出すことができない。
そんな中、ビーチにはマックの古くからの知人で、現在はニュージャージーのラボに所属するクイン・シェルビーがやって来る。目的は、調査官としてニューヨークのラボの査定を行うこと。マックは、クインと親しげな様子を見せる。

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ホラー映画の製作会社リパルジョン・ピクチャーズの看板女優、ウェザリー・アダムスの楽屋に何者かが押し入り、その後彼女が行方不明になる。撮影所の代表スタンリーの連絡を受けたニックとブラスは、捜査を開始。ウェザリーの楽屋でストーカーからの贈り物と思われるバラの花を確認。過去にウェザリーとトラブルを起こしたファンたちのリストを受け取る。

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